Um dos maiores problemas enfrentados pelos Municípios é a atualização de dados e preenchimento cadastrais dentro dos prazos, o financiamento da Atenção Farmacêutica Básica (AFB) é um exemplo. Apenas em 2015, os repasses dos principais programas e ações federais tiveram atrasos em cerca de 77% do total, tendo que utilizar dados de 2011. A falta de atualização gera perdas significativas aos Municípios, só de 2014 a 2016 o montante foi de 135 milhões. Por isso, a Confederação Nacional de Municípios (CNM) publicou Nota Técnica 9/2017 sobre impactos, medidas para atualização populacional e atribuições dos gestores em relação ao fundo.
A CNM informa que, a cada mil habitantes não contabilizados, o Município deixa de receber, anualmente, R$ 5,1 mil do governo federal e R$ 2,3 mil do governo estadual. Contabilizando uma gestão de quatro anos, significa uma perda de R$ 30 mil para aquisição de medicamentos da lista básica.
O destino desses valores são para compra de medicamentos e insumos, incluindo aqueles relacionados a agravos e programas de saúde específicos, no âmbito da Atenção Básica à Saúde. Existindo também uma flexibilidade, pois o gestor pode utilizar um percentual, por ano, para outras atividades, como adequação de espaço físico das farmácias do SUS, realização de atividades voltadas à educação continuada voltada à qualificação dos recursos humanos, aquisição de equipamentos e mobiliário destinados ao suporte das ações de Assistência Farmacêutica.
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